生態環境部單獨或會同有關部門對存在不規范進行監測活動等問題的監測機構、排污單位、運維機構予以通報;對違反《檢驗檢測機構資質認定管理辦法》(總局令第163號)的監測機構由其屬地資質認定部門視情形給予告誡、責令改正、責令整改、罰款或撤銷資質認定證書等處理;

發現地方黨政領導干部不當干預生態環境監測活動的，移交有關任免機關或紀檢監察機關依紀依法給予黨紀政紀處分;存在指使篡改、偽造監測數據等行為的，依法追究刑事責任;發現地方生態環境部門在落實《意見》過程中存在不作為、慢作為，且問題突出的，納入中央環境保護督察范疇。

綜合運用報刊、廣播、電視和互聯網等媒體向社會公開通報監測數據造假典型案件，加大警示教育力度，形成高壓震懾態勢，營造不敢假、不想假、不愿假的環境和氛圍。